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Mykotoxine sind zumeist niedermolekulare, für Mensch und Tier giftige Stoffwechselprodukte niederer Pilze. Mykotoxine werden von Schimmelpilzen während des Wachstums gebildet. Ein üppiges Pilzwachstum muss aber nicht gleichzeitig mit einer starken Toxinbildung verbunden sein, umgekehrt kann auch ein schwaches Pilzwachstum eine starke Toxinbildung zur Folge haben. Sehr hohe Gehalte können akut toxisch wirken, die chronische Aufnahme niedriger Mengen kann zu Organschäden führen. Manche Mykotoxine können Krebs auslösen.

Beispiele: Aflatoxin, Satratoxin etc.

Durch Mykotoxine verursachte Erkrankungen werden als Mykotoxikosen bezeichnet. Davon zu unterscheiden sind Mykosen, d. h. Krankheiten, die durch Pilze selbst ausgelöst werden.

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